يقع المقر الرئيسي لأكبر شركة طيران في البلاد، الخطوط الجوية اليابانية (JL)، في طوكيو. تقوم شركة الطيران برحلات جوية دون توقف إلى نحو 60 وجهة محلية وأكثر من 30 وجهة دولية في آسيا وأوروبا وأوقيانوسيا وأمريكا الشمالية وأمريكا الجنوبية. الخطوط الجوية اليابانية هي جزء من تحالف العالم الواحد ولها اتفاقيات بالرمز المشترك مع نحو 30 شركة طيران أخرى أيضا. ولدى الشركة أربع فئات من الخدمات: الدرجة الأولى والدرجة التنفيذية (أي ما يعادل درجة رجال الأعمال) والدرجة السياحية الممتازة Class J (الدرجة السياحية مع مقاعد أكبر) والدرجة السياحية. يضم أسطولها مجموعة متنوعة من تشكيلات المقصورتين والثلاث مقصورات والأربعة مقصورات. تقع المراكز الرئيسية للخطوط الجوية اليابانية في مطار هانيدا في طوكيو (HND) ومطار ناريتا الدولي (NRT).